骷髅洞穴是位于沙漠左上角的采矿场所，和鹈鹕镇矿井最大的区别则是没有可以存档的电梯，这就导致玩家每次进入都要从第一层开始。探索洞穴的一大难点，就是各种新增的怪物，他们有着更高的血量和伤害，前期过早前往，在生命值上限不高，武器等级过低的情况下，就很难与他们对抗。红色的甲虫与矿井里的臭虫有着很大的区别，只要武器附魔“虫子杀手”的词条，才能对其造成伤害，否则无论任何攻击打在它身上游戏攻略狩灵笔记兑换码10个。，都是MISS显示。
甲虫的行为和臭虫一样，都是以Y轴或X轴来回移动，在遇到墙壁或矿石障碍回头，面对狭窄的区域时，甲虫拦路也是非常烦人的事情，与其接触是会受到不小的伤害，所以最好的应对方式就是尽量躲着他们。巨型紫色史莱姆和紫色史莱姆，也是骷髅矿井独有的史莱姆类型，他们在多数史莱姆里算是最肉的一个，基础伤害和矿井岩浆层的红色史莱姆相同，其中巨型史莱姆在击杀后大概率会分裂，生成多个小的史莱姆。
所有颜色的史莱姆，在行为方式上都是一样的，区别也就是生命值和攻击力的不同，在玩家武器不佳的时候，尽量逐个击杀掌握好攻击节奏，就没有太大的难点。熔岩蝙蝠和铱蝠是洞穴内较为困扰的飞行敌人，50层以上铱蝠就会出现，300点生命值、30的攻击力很容易把玩家打残。看到处于沉睡状态的蝙蝠，尽量远离，或者用楼梯直接下去躲避就是最好的决策。