月亮风暴是一种会在玩家解锁月岛相关内容后出现的特殊天气事件，当神秘能量被召唤后游戏攻略暗区突围指挥官扮演可用指挥官有哪些，月亮风暴就会随机出现在除绿洲沙漠外的大陆区域，玩家可以在地图上查看其具体的覆盖范围。月亮风暴每隔5到6天便会随机更换位置，若在风暴内完成能量静电收容任务，还会提前触发换位，通过击败第三形态的天体英雄则能令月亮风暴直接停止。
进入月亮风暴区域后，角色视野会被大幅阻碍，同时移动速度降低60%，与沙尘暴的影响类似，通过装备沙漠护目镜、星象护目镜或亮茄头盔就能完全规避这些负面效果。除此之外，风暴范围内角色的理智值会被启蒙值替代，未完成瓦格斯塔夫相关任务时思仙（梦幻归来重生版），，甚至可能在风暴外出现理智值异常替换的情况。风暴中会频繁生成月熠，它们会对角色造成周期性伤害，但这种伤害能略微提升星象护目镜的耐久，每次用捕虫网捕捉月熠后，周围会立刻刷新新的月熠。
区域内还会落下特殊的月亮风暴闪电，它不会造成伤害、不被避雷针吸引，也无法为伏特羊充能或给WX-78增加电荷，但其落点会生成充能玻璃石，开采即可获得注能月亮碎片，若4距离单位内已有充能玻璃石，则会直接生成碎片，值得一提的是，用熊獾的普通攻击开采能获得双倍掉落。不过充能玻璃石会在一段时间后崩溃消失，崩溃时会产生伤害判定，需及时采集并远离即将消失的石块。