通关流程较长，可通过切换不同角色逐步推进，首次击败妈腿即可视为基础通关，重复游玩将解锁后续更高难度关卡。子宫层、司空层及后续关卡中，宝箱房、商店房、星象房将不再刷新，角色受到的伤害将从半格血提升至一格血，子宫层中击败boss玛辛11次后，该boss将变为他还活着形态，继续推进可解锁教堂与阴间两个分支关卡，两者每次仅能选择一个方向进入。
教堂与阴间关卡中，更多类型的房间将不再刷新，信仰值机制也将失效。分别击败教堂boss以撒五次、阴间boss撒旦五次后，将解锁全家福与底片两个关键道具，后续击败妈腿时boss房将不再掉落常规道具，必定掉落全家福与底片，两者每次仅能选择一个拾取。拾取全家福可进入光束，前往教堂挑战并击败以撒，拾取底片可进入活板门，前往阴间挑战并击败撒旦，继续推进可解锁宝箱层与暗室两个关卡。
击败宝箱层的boss后，可在天使雕像旁放置炸弹，炸弹击中雕像后将出现天使，共有两种不同类型的天使。每个天使都会掉落一半钥匙碎片，持有钥匙碎片将增加天使信仰、减少恶魔信仰，收集两个不同的钥匙碎片可合成一把完整钥匙。用于解锁宝箱层与暗室层中间的大门，击败大门内的boss超级撒旦是解锁主线的第一步。
20分钟内击败妈腿，墙壁上会出现一个洞口，进入洞口后拾取道具，将开启bossRush挑战，挑战共包含20轮星露谷物语危险矿井有哪些应，。击败第一层boss后，将出现一扇锁着的房门，进入后可顺着路线挑战下水道关卡。下水道第二层设有特殊房间与专属物品，穿过镜子可到达镜中世界，镜中世界的所有房间均呈翻转状态。需重新挑战一遍宝箱房，该宝箱房内无新道具，仅存在特殊道具刀柄，拾取刀柄后继续推进下一层。
下水道对应楼层将出现一扇被木板封死的房门，需使用两颗炸弹炸开方可进入。矿工层第二层设有特殊房间给力霸考研数据结构，，踩踏房间内的三个按钮可开通矿车轨道，进入轨道后角色携带的所有道具将暂时失效。属性恢复至初始状态，轨道最深处的房间内存在特殊道具刀刃，拾取刀刃后将触发追逐战。
黑影敌人无法被击败，角色需突破各类障碍返回出口，离开轨道后黑影将停止追击，持有刀刃与刀柄后将自动合成妈刀，携带妈刀可继续前往下一层关卡。击败矿坑层boss后，墙壁上会出现一扇新的房门，需献祭两颗心方可进入。该关卡无特殊道具刷新，击败boss后墙壁上会出现血肉之门，使用合成的妈刀刺入血肉之门即可将其打开。奇怪的门将在普通流程妈腿层的初始房间内出现，将固定刷新带有叉号标记的特殊骷髅头。