中后期可用特殊武器有公牛海带茎、三尾猫鞭，还有冲锋骑枪等。“公牛海带茎”源自于航海玩法，能被种植、也能当做武器。它的伤害为27.2点、具备40天的耐久，每次攻击敌方均会降低2%到4%新鲜度。“三尾猫鞭”需解锁二本科技后，才能做出来。它的伤害为27.2且具备175次耐久，释放猫鞭后可能清除14距离内的生物仇恨。清除仇恨的同时，会让怪强制产生一次受击硬直。
“冲锋骑枪”可在参加发条骑士之年的活动之时，直接获得。它的伤害有51点，耐久是200次，使用时具备冲锋特性。除了以上三种外，法系可用的武器有冰火魔杖。“冰魔杖”是通过魔法一本制作而来，它不具备任何的伤害。但可以给敌怪施加一层冰冻，让其陷入受击僵直负面。后续通过盐晶组合机还可以给冰魔杖升級，讓它施加的冰凍層數更高。“火魔杖”屬于遠程武器，能點燃敵怪並讓其陷入硬直debuff中。
此外玩家在远古伪科学站、月亮暗影线中，能得到铥矿棒、嚎弹炮、阴郁回旋镖等《剑网3缘起》十二月特惠来，。“铥矿棒”附带59.5伤害、200耐久，手持时具备1.1的速度。每次攻击敌怪之时，均有20%几率在敌人周边生成暗影出手。“嚎弹炮”有着34物伤和位面伤，能装填犬牙来造成高额输出。“阴郁回旋镖”可生成子弹并对敌造成伤害，且对月亮阵营能造成1.25倍的伤。