这部作品的核心魅力就是在保留传统刺客信条潜行、刺杀、战斗玩法的同时加入了大量的海战要素。刚开始的小寒鸦号没有意思，随着你发育一步一步改良船只以后，在暴风呼啸的海面之上迎着海浪与敌人舰队混战，两艘船并排贴着火力全开，真的非常震撼也非常带感。全舰火力全开之后必然给敌舰砸出窟窿，此时也不是回合制等cd，再立刻用点射瞄准敌舰的弱点给予其致命一击，在其彻底溃败时直接开始跳帮，率领全舰成员登上敌舰开始白刃战。
整场战斗打下来只能用丝滑形容，代入感相当不错。相比于陆地的体验来说，既然它都叫刺客信条黑旗了，还是更注重海战和冒险。天气系统的随机变化也会左右战局，龙卷风会摧毁船只，狂风会改变航向，迎着巨浪则可以规避伤害，暴风雨则无法快速行驶，这都给航海玩法增添了更多趣味和变量。在海面上不仅可以看到同样是海盗的其它队伍，正在和海军火拼或者袭击商船。
你还可以在珍稀海洋生物出现时狩猎，去用潜水钟下潜到海底进行探索。可以袭击各种海上堡垒，然后登岛占领地盘。或许还可以偶然发现即将燃毁的宝藏船，速速登船赶在其燃尽之前捞上一笔。在重置版中，制作组还加入了独特的指挥官以供招募。它们各个身怀绝技，每个角色本身都有一段独立的系列任务和故事，一旦你招募它们上船，你就可以为海战解锁更多打法。
而且制作组对黑旗的重置有一个很明显的倾向，就是增加了交互感圣斗士星矢：正义传说，。比如说迫击炮是一个打击距离超远、伤害很高的舰载武器。可惜它需要预瞄，很容易在混乱的海战之中打空。而新的指挥官可以在你按下迫击炮发射之后，炮弹连续跟着准星落点走，指哪打哪，招募了这个指挥官就不用在打完超远距离的炮击之后坐等cd挂机了。
又比如說解救了一個有家族矛盾的女船員，讓它登船以後就能精准防御了。在正常的火炮对轰中，制作组给玩家提供的防御方法就是在敌人火炮来临时全员蹲下减伤。而女指挥官的加入，让你蹲下的时机变得更加重要了。就算等级落后，但是蹲的精准，那减伤幅度是极其明显的，收益很高。