净化协议包括失落要塞压制还有效率机器人等，玩家得先去到星系的外圈。在这里进行一波开拓，通过开拓把基地建出来。建好后，己方通过跨星系的联通就能解决埃玛达危机的根源。注意在整个开拓的阶段中，己方的目标都是“压制巨型失落要塞”。且在星系搜集情报的时候，能发现很多自行动舰队的异常态势。每成功压制一次，就能提升一波星域的净化程度。失落要塞常见的异常态势1为“危机初现”，这里要派遣舰队。用舰队去到星系，将里面布置的情报信标收回。
2是“埃玛达的踪迹”，需用舰队压制住空间站周边的埃玛达平台。3则是“危机四伏”，得把星门驿站附近的失落舰队打退。4和5分别是“雷霆出击”，以及“星门阻击战”。它们分别要压制空间站重新出现的埃玛达平台，以及星门周边的平台。6则为“双线反扑”，要将开拓和中央星系的失落舰队击退。7、8、9分别是“整军备战”、“直面危机”，以及“万众一心”。其中整军备战和万众一心是一致的，都需进行物资的捐献。直面危机则要派出舰队，将中央星系的埃玛达要塞压住。
此外在净化协议的玩法中，己方将被授权使用“效率机器人”。效率机器人附带的buff很多，其中的1为“资源产能预支”。它可以锁定当前的基地设施和工程船，立刻得到它們三小時的産量。2則是“動員令預支”，能立刻得到二十四小時的動員令産量。注意在獲取之後，未來的二十小時內的動員令産出會下降75%。3是“預制模組預支”，能立刻獲取預支模組8小時的産量。4則爲“高效聯絡”一木棋牌旧版安卓版本。，可让停靠中的联络站立刻刷出六个任务。5是“主力舰生产动员”，能将主力舰生产线中的舰船速速生产完成。