海底废墟是一种稀有的海洋结构，海底废墟分为两种，分别是寒带海底废墟和热带海底废墟，前者会生成在普通海洋中和冷水海洋中。后者会生成在温水海洋中，这个海洋的表面呈现暖绿色三国志战略版汉焰长明連環弓，在暖水海洋生物群系中也会生成，海底废墟大部分结构是生成在水中，不过偶尔也会生成在陆地上面。它的结构划分大小，百分之三十海底废墟会成为大型海底废墟连击无双（别碰这三国-商城版）！，其余百分之七十概率生成的都是小型海底废墟。
如果生成的是大型它周围有百分之九十概率在生成到四到八个小型海底废墟，玩家附魔水下呼吸或者喝水肺药水在海底进行探索就能找到这种废墟结构。海底废墟的每一个子结构中会生成五个可疑方块，如果是在热带海底废墟会把沙子替换成可疑的沙子。海底废墟形状和大小差异都很大，一般会成群生成组成村庄遗迹，寒带海底废墟由石砖、裂纹、苔石砖、海晶石、岩浆块和可疑的砂砾组成，还有紫色和淡蓝色的带釉陶瓦，热带由可疑沙子、砂岩、磨制花岗岩、海晶等、砂砾和淡蓝色带釉陶瓦组成。
大部分海底废墟结构会生成溺尸，大概是一到两个，有的个别是三到四个，同时还会生成战利品箱子，大型和小型海底废墟箱子中的战利品还不同。小型海底废墟战利品箱中有煤炭、腐肉、小麦、石斧头、带附魔的钓鱼竿和藏宝图等，大型海底废墟战利品箱中有附魔书，这个附魔书包含珍贵附魔和经验修补，还有鹦鹉螺壳、金苹果、金头盔以及皮革外套。海底废墟的存在主要是丰富海洋探索，里面的方块和宝箱中的物品也都能获取，溺尸手上也拿着物品，有可能生成带三叉戟的，击败它也可能会掉落。