零号连队采用了类似幽浮的回合制戰棋戰術規則，你可以看到熟悉的命中率系統導致的贴脸空枪、监视射击、投掷物越掩体等等。制作组没有对战斗系统进行过分的深入，比如背击、侧击、不同武器射击的压制效果等等。玩家要做的就是控制角色站位，进入全身或者半身掩体，层层推进。用各种装备、道具或者技能增益，充分发挥每一个行动点的效果。
命中率的存在使得即便配置完全相同，也可以在每一回合打出完全不同的可能性。为了弥补高命中率空枪的情况，制作组把局内的某个机制和角色成长绑定到了一起，也就是协助攻击。每一个回合玩家团队中都会出现一个人，可以呼叫其它队友来协助自己进行攻击。这个协助攻击非常好用，只要选择了协助目标，不管自己接下来的攻击打中没打中，协助者只要有视野就会无视一切条件百分之百命中目标。
这不仅可以节约行动点完成补射保岛七战（武侠ol），而且在面临队员被敌人监视射击架住的情况时，也是可以非常方便打断敌人监视射击的免费手段。每当你经历了一场战斗返回大本营之后，都可以通过养成队员之间羁绊等级来进行随机三选一的数值成长。这些羁绊等级在达到顶级时还会出现更强大的特殊加强，在战斗中去呼叫队员进行协助攻击就是加深羁绊的主要方法，这就让协助攻击成为了真正的万金油存在，地位大大提升。
不仅局内可以破万法，而且局外也和成长密切关联。每一次冒险回来都可以和伙伴们对话，尽管没有任务提示也一样可以听到有趣的故事。在任务过程中，我们也要时不时进行第三人称模式，去在上完成一些小探索，获得各种情报点。这些情报点就可以在大本营让我们选择去哪个星系接活，这些活你不去是不知道具体会发生什么的。
但大部分奖励都是正向的，也可以看到部分奖励是什么。所以既有这种未知冒险的感觉在，又有经营规划的感觉在。如果你真的想去回合制战斗，那就可以在主线倒计时结束前，去选择其它支线战斗行动，或者角色的特殊故事战斗去完成。随着主线推进，你也会时不时撞见无限之环组织的红色事件。