机谋变策战记的核心玩法是每一关挑战都有一个主题角色，该角色必须在上下半场都同时出场，挑战过程中会给这个角色提供强力增益效果，击败敌人能获得积分，如果队伍中只存在推荐元素类型的角色，击败敌人后能获得翻倍积分。挑战分为五个难度，分别是普通、困难、极难、无畏和绝境，难度越高击败敌人后获得的积分也就越多，玩家可以根據自身隊伍練度來選。在第一關的挑戰過程中上半場會遇到飄浮靈、野伏衆、爐殼山鼬和陸行真蕈，野伏衆的特性是物理抗性爲負百分之二十，其它全元素抗性爲百分之十。
飘浮灵的全元素抗性为百分之十，不过免疫自身元素类型的伤害，陆行真蕈的全元素抗性为百分之十，自身元素对应抗性额外增加百分之二十。炉壳山鼬火元素抗性为百分之五十，其它元素抗性百分之十，下半场会遇到岩盾丘丘人、幻形游禽、幻形雀、鳍游龙和盗宝团，幻形生物对水元素免疫，鳍游龙水元素抗性高达百分之五十。上半场首选元素为雷元素、风元素和水元素，队伍成员为瓦雷莎、芙宁娜、万叶和那维莱特，其中瓦雷莎和万叶能进行下落攻击，可以触发上半场的冲击波增益效果。
下半场元素选火元素和雷元素，可选配队为瓦雷莎、玛薇卡、夏沃蕾和班尼特，这个队伍能稳定触发超载反应，增益效果使超载反应造成的伤害提升，同时在触发超载反应后生成风涡牵引敌人。开始上半场挑战后首先登场的时两个一组的野伏众，击败四个野伏众后会出现四个陆行真蕈，这个六个怪都没有特殊机制很好击败。随后出现的敌人是炉壳山鼬，它的特点是战斗进行到一定阶段后会生成白色护盾，护盾量等同于其生命值上限，通过灌伤害的方式很难破除，不过每一次下落攻击能扣除其百分之二十多护盾，下落攻击四次就能完全击破它的护盾。
护盾会累积受到的伤害，破除后会对它本体造成等额伤害。下半场开始时会遇到很多岩盾丘丘人，它们出生位置相近，使用瓦雷莎进行下落攻击就能轻松击败，击败后会出现三个一组的盗宝团，这类敌人同样没有特殊机制正常输出就行。下一波敌人时两个一组的鳍游龙，它的特点是好动，挑战过程中可能会脱离攻击范围，可以利用挑战助益效果进行聚怪。