游戏中拥有很多类型的自然灾害，我方可以在高级设置之中自由调整强度。0级是灾害触发频次最低、强度最弱的，4级则是最高的。如果玩家把强度设为3级或者4级，那场中受到破坏的格子会更多。此外我方在天启模式中的灾害强度会默认为4级，此模式下会出现预言者。预言者作为专属支援单位，能在附近的格子里面制造一次随机灾难。每次制造都有次数上限，没有剩余次数的话将会消灭预言者。天启模式下若气候变化达到了最高阶段，那将出现彗星撞地球并消灭所有的文明。除了可自由设定强度外，灾害还能分成洪水、火山、林火、风暴。
还有干旱、海平面上升这六种，像“洪水”只会出没于毗邻江河的格子之中。且在选择开拓者模式的时候，能清除观察到洪水的覆盖格子。它有可能直接移除或者掠夺改良设施、建筑，同时削减一定的人口。格子里面如果存在防御工事或者各种单位，也会扣血并吃到损伤。但里面的奇观不会受到影响，注意洪水级别越高、AOE范围越大。想要防止人口削减和建筑单位类的损失，玩家可以沿着河流边上建造堤坝。也可以拿一拿大浴场的奇观，大浴场＋预言家可带来额外的信仰。等洪水过境后，受影响的格子有可能增加食物、生产。简而言之洪水的随机性很强，无论是造成的损失还是得到的收益都比较看脸。
注意若是处于4级气候之下，它将不会给己方带来肥沃度。“火山”处于大陆边缘且有休眠、活跃、喷发形态，也能通过开拓者视野观察到。处于休眠状态之时，其和普通的山脉格子没有区别。但它进入活跃状态是随机的，我方可在系统右下角看到相关的提示。且山的顶部还会冒出滚滚浓烟，喷发之后会对周边的格子造成伤害。格子中的改良设施将被移除或者掠夺，里面的防御工事、驻军也会吃到伤害。且喷发还会改变当前的地貌，山边上的人口有可能会下降。奇观同样不会受到喷发的影响，且喷完之后受影响的格子有可能增加食物和生产。
相比于前面的洪水，火山造成的损失更大且带来的收益更多一些。“风暴”其实是4种灾难的统称，它包括龙卷风、沙尘暴、暴风雪还有飓风。像龙卷风一般出没在平原和草原格子里面，包含多漩涡和爆发等级别。其处于多漩涡形态时可覆盖1个单元格，爆发后则会影响3个格子。沙尘暴仅仅出没在沙漠格子里面，包含从梯度到哈布几个等级。梯度级会覆盖3个格子，哈布级则会影响到7格。且沙尘暴经过之后，受影响的地皮有几率提升粮锤的收益。暴风雪一般出没在冻土或者雪地的地块上，有严重性、灾难性等强度。严重性会对7格内的单位造成破坏，灾难性则会影响19个格子。飓风出现在海洋单元格里面且最高能到达5级，它在经过后也能提高粮锤的产出。