机谋变策战记第二关增益效果为基尼齐的元素战技，命中敌人后能提升百分之三十暴伤，持续时间为六秒最多叠加三层。第二关中的怪物熔岩游像蚀土者是机制怪，全元素抗性都为百分之十，秘源机兵寻捕械常态全元素抗性为百分之五十，进入虚弱状态后降到百分之十，遗迹龙兽地巡常态物理抗性为百分之五十，元素抗性为百分之十，吸收对应元素后对应元素抗性提升百分之四十。
深邃擬態遺迹守衛常態抗性都爲百分之十，但需要先破次數盾後才能對敵人造成傷害，建造特化型和壓制特化型機關全元素抗性和物理抗性都爲百分之十，遺迹重機物抗爲百分之七十，其它元素抗性百分之十。潮流大靈顯化身水元素抗性为百分之五十，其它元素抗性和物抗为百分之十。第二关上半场首选草元素和火元素角色上场，提供的增益效果是触发燃烧反应后敌人的草抗和火抗下降，角色优选是基尼齐、阿蕾奇诺、班尼特和艾梅莉埃，下半场首选元素是草元素、水元素和火元素，触发绽放或烈绽放反应后获得元素精通提升效果，同时元素战技和元素爆发造成的伤害提升，配队为基尼齐加芙宁娜加夜兰和玛薇卡。
第二关首先出现的敌人是熔岩游像蚀土者，该敌人在受到火元素攻击时会积累进度，进度达到百分之二十，四十或者六十时会损失一定生命值，进度累满后它会立刻死亡。接下来出现的是秘源机兵寻捕械，会在附近角色进入夜魂加持状态后累积充能，充满后会发射激光并进入虚弱状态，该状态下全元素抗性下降百分之四十。第三个出现的是深邃拟态敌人，护盾需要一百零五次元素攻击才能破除，一次夜魂性质的元素攻击视为三次普通元素攻击，使用基尼齐配合触发燃烧反应能轻松破除它的护盾。
需要注意的是该敌人部分攻击能无视护盾，直接扣除场上角色生命值，最后出现的遗迹龙兽会根据受到最多伤害的元素类型提升对应元素抗性，但它的头部有核心，攻击核心能使其瘫痪。下半场首先会遇到荒性机关，使用两次芒性攻击能将其弱化二十多秒，弱化期间敌人只能进行低强度的物理攻击，有利于角色进行伤害输出。接下来出现的是遗迹重机，在头部和脚步有核心，如果能成功攻击到核心能使其瘫痪失去攻击能力。