穿透是星际战甲中武器的属性词条之一，带有穿透属性的武器能够穿过墙体攻击到掩体后面的敌人，穿透的判定只考虑固体材料的总厚度，飞行路径中的开放空间会被直接忽略。但需要注意的是，投射物一旦耗尽穿透距离，或遇到超出承受能力的厚壁就会立刻停止。
游戏内多数地面、极寒卓越者的冰雪护罩以及虚能船员的屏障，无论穿透属性多强都无法突破，这类障碍物有着绝对阻挡机制，会直接终止飞行物的攻击判定。此外，部分头目在弱点未暴露时处于无敌状态，即便对方可被穿透覆盖，武器也无法造成有效伤害，例如像猛禽和Lephantis，就需要等待特定的攻击阶段才能顺利命中要害。弓箭与飞镖类武器在穿透過程中會出現顯著的彈道下墜，飞行速度也会下降，而投掷类武器通过“奋力一掷”MOD获得的穿透效果仅对敌人有效，遇到固体表面就会反弹。能量武器则有独特的优势，例如安培克斯的主电流在穿透多个目标时，每个被击中的敌人都会分裂出电链伤害周围单位，大幅提升清场效率，可惜受限于射程，实战需要能贴脸才能发挥出最好的效果。
近战武器的穿透机制在3.0改动后有了独特的递减规则，第一名被击中的敌人会承受完整伤害，后续目标的伤害则按固定穿透系数依次相乘递减。这使得近战武器在对多个目标发动攻击时更需要更讲究站位，避免后续伤害过低无法有效造成击杀。远程武器中，绝路Prime搭配专属穿透MOD可实现超远距离贯穿多个目标的狙杀效果，而终幕孢丝感染枪装备电波卡后，不仅能获得穿透能力，还能让命中后的倒钩立即爆炸，覆盖更大的范围。