飞船末端的房间有一个连接装置，用来给指挥官远程控制战甲，还可以通过它把指挥官传识到战甲的身边辅助战斗。虽然指挥官攻击没有战甲武器那么凶猛，但也能用自己的能力提供很多帮助。在游戏剧情任务第二场梦里有这部分介绍，也是在完成这个剧情之后才能解锁指挥官的功能。另一位角色双衍王境中的漂泊者，可以视为平行世界的指挥官。
实际使用时和指挥官功能相同，区别基本只在外观。战斗场景中按5切换指挥官和战甲，指挥官鼠标左键是普通攻击，中键是特殊攻击。指挥官的攻击是虚空伤害，一般用来进行特殊操作，比如击破夜灵平原三傻的防护盾。攻击扎里曼虚空中的天使，还有触发火卫二隔离库之类的机关等等。指挥官的蹲键，按住ctrl或者点按v进入虚空状态，指挥官会隐身并且规避伤害。
一般情况下战甲会同时变成无敌状态，除非战甲身上有开启的技能，就不会变成无敌，而是减伤90%。切换指挥官蹲隐身，用来短暂躲避伤害非常好用。也可以在虚空状态下扶起队友，避免出现一个个送的情况。虚空状态下按空格，也就是ctrl加空格或者在空中连点空格，会进行虚空冲刺，向前方快速移动，用来跑图赶路。除此之外，指挥官还有三个技能，和战甲一样按123释放，不同的指挥官派系有不同的技能。