联机模式是元气骑士的核心玩法之一，分为局域网与远程联机两类，局域网需玩家连接同一网络或热点，最多支持4人组队且断线后可恢复进度。远程联机则需通过快速匹配、邀请码等方式实现跨距离组队，还能基于位置信息匹配网络更佳的队友。
无论使用哪种方式，都要求玩家游戏版本一致，否则会出现无法加入的提示，而远程联机的数据传输依赖玩家自身网络，双方网络不佳时需及时切换房主，避免卡顿或掉线影响体验。创建房间时，房主拥有核心设置权限，可选择关卡、赛季等多种玩法模式，还能无限刷新挑战因子且无需消耗宝石，勾选“二五仔之锤”图标后，1-3的宝箱房间会变为特殊房间，必定产出联机专属武器。玩家共同消灭敌人时可共享对方掉落的能量球和金币，装备则可以随意更换，部分宝箱房间内有时会出现需多人共同踩下机关才能开启的大棕色宝箱。
除角色限定天赋外，房间内所有成员的天赋与饮料效果，全员共享，只是推進關卡時的天賦選擇僅房主可操作，其他成員只能通過點擊提出建議，需要提前溝通需求，避免选错关键天赋。联机模式中仅房主的宠物和亲卫能出战，但通关后所有玩家的宠物都可计入通关数据，武器获得次数仅归首个拾取的玩家所有，试炼之地模式通过邀请码加入不消耗羽毛，但会占用每日次数。勾选“公开房间”后，房主和成员的准备时间分别限制在90秒和30秒，需快速完成角色与装备的选取。