魔王城物语有个很重要的机制设定，同类型怪物放在同一个房间会产生加成效果。这个机制本身没什么问题，甚至可以说是游戏的一大策略亮点。玩家可以通过规划不同类型的怪物阵容，在同一房间内发挥出协同作战的效果。但是问题也随之出现了，当你想要最大化利用这个机制的时候，你会发现系统的操作逻辑完全跟不上你的需求。
想把房间里的怪物重新排列调整阵容搭配，可游戏压根就没有为这个机制制作任何批量操作的功能。不能一次性选中多个怪物进行移动，不能批量更换房间里的阵容组合，甚至没有一个整理房间的功能来帮你自动优化布局，这意味着后期调整一次布局可能要花费半个小时甚至一个小时。更让人抓狂的是，游戏前期完全没有主动提示这个机制的存在，等你发现原来同一房间的同类型怪物有加成这个信息时，城堡已经在升第三个规模了。
而且房间格数与可容纳怪物的比例不仅不告诉你还不统一，九格房间能放三只怪物，几十格的大房间却只能放十二个怪物。这种不一致的设计，让布局调整变得更加困难。也就是说，除非你在一开始就已经规划好了一切，否则整个游戏越玩越累，让人心力交瘁。魔王城物语的官方宣传中，怪物收集和进化是核心卖点之一。游戏号称拥有三百多种不同的魔物，看上去很诱人，让人不由得想到精灵宝可梦，那种收集与养成的双重乐趣。
但实际上手之后会发现，游戏的图鉴系统基本就是摆设。怪物有没有自带魔法，进化链路是什么样子，喜欢什么道具，合成配方是什么，这些关键信息一个没有。取而代之的是一堆无关痛痒的废话，一个怪物没有解锁前不告诉玩家可以理解，解锁了之后还不告诉，这就纯属是偷懒了。而且进化与合成的关系更是莫名其妙，这两个功能基本的结果就是靠猜，甚至很多时候会让你的体验为负数。
说到进化就不得不提经验系统，可以理解陷阱是魔王城物语的另一大核心玩法。玩家可以研究各种不同的陷阱搭配，比如在路口放一些粘鸟胶减速，然后配合滚石大范围杀伤。或者利用假宝箱把敌人引到原本不会去的地方，巧妙的削弱前来进犯的冒险者。可以说这个系统本身设计的相当有策略深度，陷阱与空间动线的深度耦合，也是本作最具钻研性的玩法模块。但是这个系统却有一个致命漏洞，所属房间的陷阱击杀敌人是不给同房间怪物经验的。