挑战因子是元气骑士中的一个独特设定，获取后会对玩家后续的冒险产生一定的影响，挑战因子有好有坏，其中好的能为玩家提供极大的增益，而坏的则会显著提高关卡通关难度。其中有六个挑战因子属于大恶，对玩家的影响也是最大的，要避免获取。
“雙倍快樂”因子能直接讓場景中所有敵人的血量翻倍，使自身輸出效率會暴跌至原本的二分之一，打BOSS很容易出現“刮痧”的情況。“元素異常”因子會讓角色在受擊後隨機觸發異常狀態，且5秒內持續觸發，無論是灼燒掉血、冰凍僵直，中毒減速等效果在關鍵時刻都非常致命。即便玩家玩的角色很肉，在戰鬥中也需要盡量不硬抗子彈，而是利用地形拉扯敵人，躲避彈幕，避免因頻繁受擊而陷入異常狀態。“脆皮”因子會將角色的生命上限鎖死在1點，後續受到任何攻擊都會死亡，直接使得容錯率歸零。
在这种情况下，生存全靠护盾和闪避，同时战斗中要牢记不贪刀的原则，打完一套立刻拉开距离，利用地形阻挡弹幕，避免任何贴身战斗。“人海战术”能让敌人数量和密度双双翻倍，小怪簇拥着精英怪推进，稍不注意就会被弹幕包围。“双首领”会让每关的BOSS房内都会出现两个领主，虽然单个BOSS的血量减少25%，但在双重技能的夹击下，威胁仍然呈几何级上升。